Vermutlich stammt das Ebolavirus von Flughunden (Flughunde gehören, anders als der Name vermuten lässt, wie Fledermäuse zur Ordnung der Fledertiere). Es wird angenommen, dass durch den Verzehr von Flughunden als Buschfleisch das Virus auf den Menschen übertragen wurde.
Allerdings steht der Beweis noch aus: die Isolierung eines infektiösen Ebolavirus aus einem lebenden Flughund.
Das Ebolavirus konnte auch in Schweinen und Menschenaffen nachgewiesen werden. Welche Tiere von Virus infiziert werden können und wie viele bereits den Virus tragen ist nicht bekannt.
Das Virus verbreitet sich durch Kontaktinfektion (Körperkontakt und Körperflüssigkeiten), könnte aber auch in eine Form mutieren, die per Tröpfcheninfektion (Sekrete der Atemwege) übertragen werden kann.
Innerhalb der letzten zehn Jahre ist das Ebolavirus bereits mehrfach mutiert. Wie genau dies seine Eigenschaften verändert hat ist nicht bekannt.