Der Theologe Ulrich Körtner wirft dem „neuen Atheismus“ vor, mit religiöser Inbrunst gegen Religionen vorzugehen und dabei zwecks Aufmerksamkeit religiöse Gefühle bewusst zu verletzen.
Körtner bezeichnet die Reaktion auf die Terroranschläge am 11. September 2001 als Zeichen des "neuen Atheismus" und damit der „hässlichen Seite“ einer „Wiederkehr der Religion“. Dies veröffentlichte der Vorstand des Instituts für Systematische Theologie und Religionswissenschaft an der Evangelisch-Theologischen Fakultät in Wien in einem Gastkommentar in der „Presse“ (Donnerstag-Ausgabe). Das derzeit laufende „Volksbegehrens gegen Kirchenprivilegien“ entspreche genau den Merkmalen dieses neuen Atheismus.
Die neuen Atheisten gäben nicht nur „unterkomplexe Antworten“ auf die für Körtner entscheidende Frage, wie viel Religion die modernen Gesellschaften und säkularen Staaten vertragen würden. Vor allem seinen sie durch ihren offen deklarierten mangelnden Respekt für Religion auch „freiheitsgefährdend“, da sie das Menschenrecht auf Gedanken-, Gewissens- und Religionsfreiheit infrage stellen bzw. unterminieren würden, so der evangelische Theologe und Vorstand des Instituts für Ethik und Recht in der Medizin der Universität Wien.
