Der Internationale Bund der Konfessionslosen und Atheisten (IBKA) Berlin-Brandenburg kritisiert die Einrichtung eines Instituts für Islamische Theologie an der Humboldt-Universität. "Staat und Religion müssen endlich getrennt werden", sagte Landessprecherin Silvia Kortmann.

Wegen ihrer Bindung an bestimmte Bekenntnisse könne Theologie keine echte Wissenschaft sein. Die Ausbildung religiöser Funktionäre dürfe nicht die Aufgabe staatlicher Fakultäten sein. Die IBKA-Sprecherin weiter: "Die Hoffnung, sich einen staatskonformen moderaten Islam heranzuziehen, ist illusorisch und offenbart ein fragwürdiges Verhältnis zur Religionsfreiheit. Die gleichfalls fragwürdige Beiratskonstruktion verschafft konservativ ausgerichteten Islamverbänden unangemessenen Einfluss auf das Bildungssystem. Sogar der Vorwurf des Extremismus gegen einzelne Verbände steht im Raum. Anstatt weitere theologische Fakultäten einzurichten, sollten die bestehenden abgeschafft beziehungsweise in den Verantwortungsbereich der Religionsgemeinschaften verlagert werden, in den sie gehören."

Der IBKA fordert ein Ende der theologischen Fakultäten an den Hochschulen und ein Ende des konfessionellen Religionsunterrichts an öffentlichen Schulen. Religionswissenschaftliche Forschung könne nur unabhängig von konfessionellen Bindungen betrieben werden.