Im Frühjahr 2007 ging der GWUP-Blog online, betreut vom Wissenschaftsjournalisten Bernd Harder, der unter anderem als Sachbuchautor und Chefreporter der GWUP-Zeitschrift Skeptiker bekannt ist. Seitdem berichtet der Blog tagesaktuell über News auf dem Gebiet der Pseudowissenschaften, gibt Video-, Lese- und Veranstaltungstipps. Inzwischen sind mehr als 6.800 Beiträge erschienen. Vor kurzem wurde er erstmals zum "Wissenschaftsblog des Jahres" gewählt.
Der "Wissenschaftsblog des Jahres" wird durch Abstimmung der User ermittelt und ist ein Privatprojekt des Wissenschaftsjournalisten und -kommunikators Reiner Korbmann, der auch das Unternehmen Science & Media gründete und selbst den Blog Wissenschaft kommuniziert betreibt.
Dass der GWUP-Blog erst 2021, im elften Jahr der Preisverleihung, in der Gewinnerliste auftaucht, mag auf den ersten Blick erstaunen. Zurückzuführen ist es auf die eigenwillige Nominierungspolitik in den Vorjahren, die unter Wissenschaftskommunikatoren bereits für engagierte Kontroversen sorgte. So war 2012 der klimawandelleugnende Science Skeptical Blog in der Wahlliste zu finden und landete sogar auf Platz 2. Ihn in eine Reihe mit wissenschaftlich orientierten Projekten zu setzen, darin sah der Ausrichter keinen Widerspruch. Schließlich stehe eine wissenschaftliche Frage im Mittelpunkt, auch wenn er die Qualität der Argumente durchaus kritisch sah.
Im Folgejahr fand sich mit den antifeministischen ScienceFiles ein weiteres wissenschaftlich fragwürdiges Projekt auf der Auswahlliste. Als ScienceFiles den zweiten Rang erreichte, hinter Florian Freistetters wissenschaftlich anspruchsvollen Astronomieblog Astrodicticum simplex, zog Freistetter seine Konsequenzen und distanzierte sich öffentlich von der Wahl.
Nach diesen Kontroversen führte Korbmann 2014 eine neue Kategorie ein: Für das Blogteufelchen der Wissenschaftskritik wurden Projekte vorgeschlagen, "die als Thema die kritische Auseinandersetzung mit dem Wissenschaftssystem gewählt haben" oder "die sich aus Sicht der Wissenschaft wiederum mit dieser Kritik befassen" – und letzteres trifft auf die GWUP zu. Diese Definition bündelt allerdings zwei widersprüchliche Ansätze, sodass in der Nominierungsliste der GWUP-Blog neben Schwurbelschmieden wie EIKE (Europäisches Institut für Klima und Energie) und "Kalte Sonne" stand. Daran sollte sich in den Folgejahren zunächst wenig ändern – bis 2021 das "Blogteufelchen" abgeschafft wurde.
Vielleicht hat die aktuelle Situation, das immer lautere Auftreten von wissenschaftsfeindlichen Stimmen, hier zum Umdenken beigetragen. Korbmann schreibt dazu: "Jetzt, da die Auseinandersetzung mit Wissenschaftsskeptikern, Impfgegnern und Coronaleugnern endlich zum Mainstream der Wissenschaftskommunikation gehört, hat 'GWUP–Die Skeptiker' auch die Anerkennung unter allen Wissenschafts-Blogs."
Platz zwei ging 2021 an den Zukunftsblog der ETH Zürich. Auf den dritten Rang wählten die User den Vorjahressieger Miss Jones der Archäologin Geesche Wilts. Zusätzlich zu den Abstimmungspreisen gab es einen Sonderpreis der Redaktion für Medwatch, wo ein Team um Wissenschaftsjournalistin Nicola Kuhrt über gefährliche und unseriöse medizinische Heilsversprechen informiert.